دسته اول به رهبری دکتر سنجابی گرچه مجبور به همراهی با خمینی شد اما از همان ابتدا موضع خود را با مشی استبدادی آیت الله خمینی روشن کرده و در مراحل مختلف اعتراض خود را علنی کرد و نهایتا اولین حزبی بود که از صحنه سیاست توسط روحانیت ارتجاعی حذف شد. روحانیت با توسل به نیرنگی تحت عنوان ارتداد تعدادی از اعضا جبهه را اعدام و بسیاری را سال ها به زندان انداخت. تا سال ها عملا اعضای باقی مانده بدلیل جو موجود امکان گردهمایی نداشتند تا اینکه در اواخر دهه هفتاد با استفاده از فضای ایجاد شده توانستند تحت گردهمایی های خانگی دوباره فعالیت را از سر بگیرند. از این تاریخ بود که سازمان زیر عنوان جبهه ملی پنجم کار خود را آغاز کرد. هر چند در همین دوره نیز حکومت با فشارهای شدید و با برخورد های امنیتی با رهبران و اعضای عادی و با صدور احکام سنگین حبس تمامی تلاش خود را برای برهم زدن فعالیت های سازمان انجام داد اما با شکست روبرو شد.

 در این دوران جبهه ملی تحت رهبری اشخاصی چون امیرانتظام، ادیب برومند، شاه حسینی، زعیم، ورجاوند، موسویان و باوند سیاست های جمهوری اسلامی را مورد انتقادات شدید قرار داده و مهم ترین صدای مخالف داخل را ایجاد کرد. متاسفانه پس از فوت جنابان ورجاوند، ادیب، امیرانتظام و شاه حسینی عملا اعضای محوری شورای مرکزی جبهه ملی پنجم از میان رفته بودند بنابراین چند تن از اعضای کلیدی باقی مانده من جمله آقایان باوند، زعیم، رشیدی و درودی تصمیم گرفتند که شورای جدیدی تحت عنوان ششم تشکیل دهند، هر چند مابقی اعضای شورای پنجم به رهبری دکتر موسویان تصمیم به ادامه کار شورای قبلی گرفتند. جبهه ملی ایران سامان ششم رهیافتی پراگماتیستی در پیش گرفت و در اقداماتی چون پیشاهنگی در تحریم انتخابات ۱۴۰۰،مصاحبه های تلویزیونی تند علیه سران جمهوری اسلامی، نامه سرگشاده به علی خامنه ای برای استعفا، و تشکیل سازمان جوانان و دانشجویان برای تجدید نسل کادر های جبهه ملی، به مسئولیت سیاوش سلطانی پیشگام بود.